El CMT cuenta con una jefatura ubicada en Santiago y la Subjefatura Zonal Arica, Subjefatura Zonal Puerto Montt, Subjefatura Zonal Coyhaique y Subjefatura Zonal Punta Arenas.Los orígenes del CMT se remontan a 1953, año en que se creó la Inspección del Servicio Militar del Trabajo como un organismo dependiente del Ministerio de Defensa Nacional.