Sin embargo, el hundimiento del Maine lo cambió todo. Al mes siguiente el destacamento de Baler, desconocedor del estallido de la guerra con Estados Unidos y de la recién proclamada independencia de Filipinas, fue atacado por los combatientes filipinos y se refugió en la iglesia, comenzando así el sitio.Tras varios intentos por parte de emisarios españoles para que depusieran las armas, finalmente los sitiados, tras ojear unos periódicos dejados en la iglesia por uno de los enviados, el teniente coronel Aguilar, descubrieron una noticia que no podía haber sido inventada por los filipinos, lo que les convenció de que España ya no ostentaba la soberanía de Filipinas y de que no tenía sentido seguir resistiendo en la iglesia. El 2 de junio deponían las armas y las autoridades filipinas aceptaron unas condiciones honrosas de capitulación.