El centro está repartido entre las bases de Getafe, donde está el Grupo de Fuerzas Aéreas, con los escuadrones 403 y 409 y la escuadrilla de mantenimiento, y la base aérea de Cuatro Vientos, que acoge la jefatura y el Grupo de Cartografía y Fotografía, con tres escuadrones (fotografía y apoyo, cartografía y enseñanza): Además del CN235 recién retirado, el Cecaf dispone de aviones Beechcraft C90 King Air y Cessna Citation V para cumplir con las misiones asignadas.